《水生态学杂志》创刊于1981年，由中华人民共和国水利部主管、水利部中国科学院水工程生态研究所主办，主要报道与水生态系统及其生态过程相关的各学科原创性研究成果，刊载典型污染物的生态学效应、水生态修复技术、水体富营养化防治、水景观生态格局、水环境污染防治、生态毒理与生物监测、水文水资源、生物多样性保护、鱼类生态学、生态渔业等方面的原创性科研论文和综述，是水资源、水环境和水生态保护领域的学术平台。
1981年，为总结交流水库渔业生产技术经验和科研成果，普及水库渔业的科技知识，促进全国水库渔业工作的开展和水库商品鱼基地的建设，在一些知名专家学者的倡导下，当时的水利部工程管理局和水利部工程管理中心(湖北省丹江口市)联合创办了技术性科技期刊《水库渔业》。
1986年，在水利建设和水利综合经营深入发展中水利部门需要研究解决的渔业问题和需要扩大的渔业生产领域越来越多，《水库渔业》顺应形势的变化，更名为《水利渔业》。
1994年，因主办单位职能发生变化，为更有利于《水利渔业》的发展，杂志改由水利部中国科学院水工程生态研究所(原水利部中国科学院水库渔业研究所)主办，编辑部迁至武汉市。
2008年5月，水工程生态研究所为适应国家建设生态文明的大政方针和水利部可持续发展水利政策的需要，经报请水利部同意、国家新闻出版总署批准，《水利渔业》更名为《水生态学杂志》，并由技术性科技期刊改为学术性科技期刊。
水生态学杂志荣誉《水生态学杂志》已经被国内多家权威数据库(机构)列为核心期刊，并被部分国际专业数据库收录：
中国科学引文数据库核心期刊(CSCD)
《中文核心期刊要目总览》核心期刊(北京大学图书馆)
中国科技期刊开放获取平台(COAJ)
中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)(中国科技技术信息研究所，万方数据)
《中国学术期刊影响因子年报》统计源期刊(中国知网)
中国学术期刊综合评价数据库(中国知网)
中文科技期刊数据库(维普)
“万方数据——数字化期刊群”
中国期刊网、中国学术期刊(光盘版)全文收录期刊
中国水产类期刊Q1区
中国农林核心期刊A类
“遥感科学与技术”领域T1类科技期刊
地球与环境科学信息网(EES)
美国化学文摘(CAS)
日本科学技术振兴机构数据库(JST)
加拿大科睿唯安《乌利希期刊指南(网络版)》
科技期刊世界影响力指数(WJCI)报告
(1)稿件务必论点明确、数据可靠、结构严谨、条理清晰、文字精炼。论文一般应含标题、中英文摘要(含关键词)、正文(前言、材料与方法、结果与分析、讨论等)、志谢和参考文献。其中，前言应对相关研究进行回顾总结，并说明本文的研究出发点和意义，无需写“前言”二字标题;讨论应结合有关文献对论文结果进行充分比较和评价，要充分引用近几年最新的国内外相关期刊相关文献成果(尤其应与近年的相关工作进行比较)，突出论文的科学性和创新性。
(2)标题、作者和单位和脚注：论文题目应简洁明了，突出主题，便于检索、分类，一般不超过25字。作者署名及排序须遵循《中华人民共和国著作权法》有关规定，单位请列出全称、所在城市和邮政编码。脚注请注明论文资助来源(如基金课题等)和第一作者简介(姓名、出生年月、性别、职称、研究方向、E-mail);如有通信作者，请注明(姓名、性别、职称、研究方向、E-mail)。
(3)摘要和关键词：中文摘要不少于300字，内容包括研究目的和意义、研究方法、结果和结论。要求不分段，无缩略语，无引文。英文摘要字数1000-1500字，必须突出论文的主题，充分反映论文的创新点。关键词以3~8个为宜。摘要可参考如下：
(4)量和单位：请正确使用法定计量单位，避免使用亩、ppm、ppb等单位。
(5)志谢(非必要)：论文成文过程中得到的各种支持和帮助，如数据资料的获得、野外考察的参与、室内实验分析以及论文构思写作修改中的指点等，无论是来自个人(除署名作者外)还是单位，都应在征得当事人同意后一一致谢。
(6)图、表要求：图、表随正文排，力求精简，图、表内容不得重复。图、表题均要求中、英文对照。图片横纵坐标标题要求中英文对照。
i)表格：除非特殊要求，一般使用三线表，即表中不得出现竖线，尽可能少添加横线;表注要充分。
ii)图：图件须清晰，无底纹、无底框线，尽量采用黑白线条图(或彩色图)，要求线条清晰，层次分明，坐标物理量和单位应标示为：物理量/单位，如TP/mg·L-1，时间/h等。地图类国界线请按照中国地图出版社出版的最新《中华人民共和国地图》绘制。具体可参考如下格式：
iii)图像：所有图像(如照片、图片)分辨率一般要求不低于300 dpi，并请提供.pdf或.tif格式文件。
(7)参考文献：须为公开发表的文献，数量一般不得少于25条，建议多引用国内外权威学术期刊的最新文献。参考文献标注采用“著者-出版年制”体系。正文引用文献的标注内容由著者姓名与出版年构成，并置于“( )”内。参考文献表按中英文文献分开排序，按著者字顺和出版年顺序排列。
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