《淡水鱼生态学》发表了关于淡水环境中鱼类生态的所有方面的原创文章，包括湖泊、水库、河流和小溪。欢迎涉及行为、保护、发育、遗传学、生活史、生理学和宿主-寄生虫相互作用的生态学研究手稿。涉及人口生态学和社区生态学的研究，以及包括人口生物学、进化生态学、行为生态学和历史生态学在内的进化方法也很有价值。研究河口和近岸沿海地区溯河产卵和溯河产卵物种的生命阶段的论文，如果它们有助于对淡水鱼生态的一般了解，则应予以考虑。如果理论和模型研究能产生可检验的假设，就像那些对渔业有影响的假设一样，那么它们就是合适的。对已发表数据进行分析的手稿，如果能产生新的结论或合成，就会被考虑。该杂志发表文章、新鲜观点、评论，偶尔也发表会议和专题讨论会的记录。
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