分子图形和模型杂志致力于发表关于计算机在分子结构、功能、相互作用和设计的理论研究中的应用的论文。该杂志的范围包括分子建模和计算化学的所有方面，包括，例如，分子形状和性质的研究，分子模拟，蛋白质和聚合物工程，药物设计，材料设计，结构-活性和结构-性能关系，数据库挖掘，化合物库设计。作为一份主要的研究期刊，JMGM致力于为我们的读者带来新的知识。因此，提交给该杂志的文件不仅需要报告结果，而且必须得出结论，并探讨提出的工作的含义。我们强烈鼓励作者在编写手稿时牢记这一点。标准模型方法的常规应用，只提供非常有限的新科学见解，将不符合我们的出版标准。报告计算结果的重现性是一个重要问题。在可能的情况下，我们敦促作者使用补充数据来增强他们的论文，例如，在QSAR研究中，机器可读的分子数据集版本，或者在拓扑结构和力场参数文件的新力场参数版本的开发中。现有方法的常规应用不能带来真正的新见解，将不予考虑。
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