在中国质谱学会成立之前，于1980年9月出版了我国第一本质谱学期刊《质谱》，为中国质谱学会的成立准备了必要的条件。作为中国质谱学会的学术性刊物，进行了大量富有成效的学术交流，为促进我国质谱学事业的发展发挥了积极的作用。
自创刊以来，在中国科协、中国物理学会、中国科学院和主办单位的关怀下，在理事会的直接领导下，得到了全国广大质谱学工作者的大力支持，编委会和编辑部努力工作，同心协力，本刊经《质谱》—《质谱学杂志》—《质谱学报》，不断健康成长。
《质谱学报》随质谱学会的改选几经更换办刊地点，伴随着学会的发展壮大而成长。现在《质谱学报》是经国家科委批准，中国质谱学会、北京中科科仪股份有限公司共同主办的专业性学术期刊。
质谱学报荣誉本刊被EI、Scopus、DOAJ、中文核心期刊、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国科学引文数据库（CSCD）、科技期刊世界影响力指数（WJCI）、美国化学文摘（CA）、日本科学技术振兴机构数据库（JST）、俄罗斯文摘杂志（Pж（AJ））、英国分析文摘、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）、中国期刊全文数据库（CJFD）、中国学术期刊（光盘版）、中文科技期刊数据库、《国无机分析化学文摘、方正Apabi电子期刊、超星期刊数据库等收录，并已入网“万方数据-数字化期刊群”、台湾中文电子期刊服务-思博网（CEPS）、重庆维普科技期刊数据库、书生数字期刊。
质谱学报栏目
“有机物裂解机理”专栏 “质谱仪器研制及应用”专栏 研究简报 前沿评述
本刊报道物理、化学、生物化学、材料学、核科学、地球科学、生命科学等基础学科中质谱的新理论、新方法、新技术及其在各领域的应用研究成果，同时介绍质谱及其相关技术在上述前沿课题研究中的最新进展，展示质谱技术在农业、石油、地质、药物、化工、临床医学、生物工程、原子能、同位素分析、环境监测、食品质控、材料分析、公安司法、军事部门等国民经济多领域的研究成果。
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