《生物化学系统学与生态学》致力于发表提交和邀请的两个学科领域的原始论文和评论:1)生物化学在与生物系统生物学有关的问题上的应用(生物化学系统学);生物化学在有机体之间或有机体与其环境(生物化学生态学)相互作用中的作用。在生物化学系统学的学科领域，比较研究(次生)代谢物在更广泛的分类单元(如属或科)中的分布是受欢迎的。特别鼓励进行比较研究，包括每个分类群在其分布范围内的多个组成部分。还欢迎将经典的化学系统学研究(如比较HPLC-MS或GC-MS研究)与(宏观)分子系统学研究相结合的研究。研究涉及化合物的比较使用，以帮助区分物种，如掺杂剂或替代品，说明应用化学系统学是受欢迎的。相反，仅仅使用大分子系统发育技术(基因序列、RAPD研究等)的研究将被认为是超出范围的。不鼓励的手稿，报告已知或新的化合物从单一来源分类单元没有解决一个系统的假设。使用过时的、难以复制的大分子技术(如RAPDs)与标准的化学系统学技术(如GC-FID和GC-MS)相结合的研究也被认为是超出范围的。在生物化学生态学的学科领域，研究化合物在产生它们的生物体的生态学中所起的作用。此外，我们还鼓励那些涉及海拔、地理和季节变化等因素对一级和二级代谢产物表达影响的假说的手稿。研究论文一般应该代表一个完整的调查，而不是初步的数据。初步报告将只在调查结果有足够的兴趣证明有理由迅速发表时才予以审议。只有在报告了重大的化学系统或生态发现的情况下，才会考虑新的来源报告。新的源报告必须以标准格式编写
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