使命宣言MCP的使命是促进蛋白质组学在基础研究和转化研究中的发展和应用。MCP将出版手稿，报告重要的新的生物学或临床发现，以蛋白质组学观察为基础，跨越所有的生命王国。原稿必须明确所研究的蛋白质所起的生物学作用或它们的作用机制。该杂志还强调，文章描述了创新的新的计算方法和技术进步，将使未来的发现。描述这类方法的手稿不必包含解决生物学问题的方案，但必须证明该技术如描述的那样工作，是可复制的，并且适合使用相关的模型系统或公开可用的数据来揭示未知的蛋白质/蛋白质组功能或特性。期刊范围生物学的基础研究，包括综合的“组学”研究，提供了机械的见解新颖的实验和计算技术蛋白质基因组数据的整合和分析，使更多地了解生理学和疾病的过程信号通路和网络分析的重点是翻译后修饰的作用蛋白质组动力学和质量控制的研究及其在疾病中的作用影响蛋白质组动力学、质量和调控的进化过程的研究化学蛋白质组学，包括药物作用机制免疫系统的蛋白质组学和抗原表达/识别微生物组蛋白组学、宿主-微生物和宿主-病原体相互作用及其在健康和疾病中的作用人类疾病的临床和转化研究代谢组学研究基因、蛋白质和表型之间的功能联系
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